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近五年来，在学校党委和行政的领导下，科技处积极落实国家的科技政策、方针和要求，以创建世界高水平研究型大学战略目标为先导，在充分整合学校各类资源，走集成创新之路的基础上，全面完成了东南大学“十五”科技工作规划。在科研基地（机构）建设，组织科研项目申报，多渠道争取经费，加快科技成果转化，国家大学科技园建设与发展，专利申请与授权、发表学术论文等方面取得了丰硕的成果。2000年至2004年到校科技经费总额达到16.838亿元。
五年来，我校获得国家自然科学基金项目248项，其中重大计划及重大项目15项，重点项目4项。“973”项目24项，“863”项目93项，自2002年以来连续三年获“863”支持的经费数列全国高校前五位。科技攻关项目68项，军工项目77项。
五年来，科研基地新增生物电子学国家重点实验室、教育部重点实验室和工程研究中心4个，江苏省重点实验室和工程（技术）研究中心8个。
在创新团队和优秀人才建设方面，获国家创新群体1个，教育部优秀团队1个，国家杰出青年基金获得者9人，教育部跨世纪和新世纪优秀人才28人，国家“十五”863领域和主题专家组成员7人，列全国高校第二。
五年来，鉴定各类科技成果233项，获得各类成果奖项132项，其中4个国家奖，省部一等奖以上25项。全校申请专利665件，获授权专利239件，授权率35.94%，其中发明专利116件，占授权专（下转一四版中缝）利的４８．５４％，２００３年申请、授权专利数分列全国第九、第十名，２００４年分列全国第十一、第十名。
五年来，我校不断加大为地方经济服务的力度，期间先后完成了东南大学首届科技成果展示活动和完成在全省１３个省级市的科技成果巡回展示活动。在１３个市的科技成果巡回展示活动中，学校党政领导率队，科技处组织包括有院士、长江学者奖励计划特聘教授、院系的教授、博导，携千项最新科技成果走向社会，共签订协议６４８项，协议金额达８个亿，涉及项目投资３０亿元，预计产生效益２７亿元。２００４年成功举办的首届东南大学产学研高层论坛，加紧加深了学校与政府、学校与企业的紧密联系，充分利用我校科技人才、学科、科技成果优势?熏为地方社会与经济发展做出贡献，为江苏早日实现两个“率先”做贡献，省委、省政府领导给予了高度的评价与赞扬。
五年来，国家大学科技园的建设与发展成效显著，我校大学科技园是国家科技部、教育部１５家首批试点及２２家首批授牌的国家级大学科技园之一。２００３年，大学科技园在全国首批２２家国家级大学科技园评估中取得良好成绩，名列第八，江苏第一。科技园自成立以来，相继投入总价值５９９４．５万元的３２项源自于“国家８６３计划”、“十五攻关计划”等重大科技成果，吸引社会资金组建２１家高科技企业，共形成注册资本金３７０４１万元。大学科技园目前已形成孵化场地面积４．１５万平方米，集中了各类企业单位１２０家，２００４年形成销售额近１０亿元，为社会提供超过２８００个就业机会的大型经济联合体。大学科技园整合学校、政府、社会各方资源，形成了强大的增值服务能力，为科技成果转化、科技企业孵化、科技人员创新创业提供了全方位的保障。