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仪器科学与工程系的学科专业创建于1960年，1961年开始招收研究生。1981年和1984年被国务院学位委员会先后批准设立“精密仪器及机械”和“测试计量技术及仪器”两个硕士学位授权点。1992年5月为了适应学科发展的需要，本学科专业从自动控制系分出成立了仪器科学与工程系。目前系里有一个本科专业：“测控技术与仪器”；一个一级学科博士学位授权点：“仪器科学与技术”；四个二级学科博士学位授权点：“精密仪器及机械”、“测试计量技术及仪器”、“导航、制导与控制”、“微系统与测控技术”。其中“精密仪器及机械”二级学科为江苏省重点学科和江苏省国家重点学科培育点。
仪器科学与工程系在老一代学科带头人万德钧教授、黄惟一教授、翟羽健教授、周百令教授等的带领下，坚持以学科建设为龙头、以队伍建设为核心、以基地建设为保障，通过精心规划和努力建设，目前已形成了一支以长江学者特聘教授和“333”工程学术带头人为核心，以博士生导师为骨干的高水平师资队伍。本学科现有专任教师40人，其中长江学者特聘教授1人、博士生导师9人、教授6人、副教授17人。在青年教师中，有省“十大杰出青年”1人，“教育部高校青年教师奖”获得者1人，省“333”工程学术带头人3人，省“青蓝工程”跨世纪学术带头人3人，省“六大高峰人才”1人。教师中具有国内外博士学位的教师26人，占专任教师的65%。
近5年来，仪器科学与工程系共承担了国家“973”项目、国家“863”项目、国家自然科学基金项目、国防重点型号项目、国防预研项目、省部委及横向项目100多项，到款总经费5800万元(其中90%以上为纵向科研经费到款)，发表论文600多篇，获国家科技进步二等奖1项、省部级科技成果奖17项。
仪器科学与工程系在教学上注重培养教学名师，提高教学质量，培养高水平的学生。现有在读硕士研究生155人、博士研究生75人。近5年来共出版教材11部，获国家级教学成果奖1项、省级教学成果奖3项。毕业生素以“知识面广、理论功底扎实、实际应用能力强”而受到用人单位的普遍欢迎。
仪器科学与工程系面向国防建设和经济建设主战场，以解决我国国防建设和经济建设中的重大理论问题和技术问题为目标，形成了“以军工为主、军民两用、亦军亦民”的学科特色和优势，开创了教育部部属高校负责国防重点型号项目的先例。
仪器科学与工程系学科的学术水平、科研成果、人才培养在国内同类学科中走在前列，某些研究领域达到国际先进水平。
仪器科学与工程系本科按测控技术与仪器专业招生，主要专业方向：1、计算机测量与控制技术；2、工业检测与自动化仪表；3、机电一体化技术；4、仪器工程与智能系统；5、车辆测控技术与工程；6、导航定位与测控技术；7、虚拟现实技术。学生主要学习电子信息理论及应用、计算机科学基础及应用、控制理论及应用、光学与光电子理论及应用、机械基础理论及应用和测控仪器设计方法及其它相关知识，就业适应面非常宽泛，可到相关的科研院所、高科技公司、高等院校、企事业单位工作，也可在本学科或相关学科继续深造，每年约有40%的毕业生继续攻读硕士学位。系里重视提高学生的科研实践能力，鼓励学生参加课外科技活动，学生多次在全国大学生“挑战杯”创业大赛、全国大学生电子设计竞赛等竞赛中取得优异成绩，荣获中国仪器仪表学会各类奖学金和其它各类校友、企业和政府奖学金，培养的研究生理论基础宽厚，专业知识扎实，具有开拓创新精神，能够掌握现代先进工具和研究手段，具有较强的研究开发能力。