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吴健雄学院是东南大学优秀人才的培养基地、教学改革的试验基地和管理改革的示范基地。学院以世界杰出物理学家、东南大学校友吴健雄先生的名字命名。世界著名物理学家、诺贝尔物理奖获得者丁肇中先生受聘为学院名誉院长，东南大学校长易红教授兼任学院院长，国家级教学名师、国家杰出青年科学基金获得者李爱群教授担任学院常务副院长兼党总支书记。
吴健雄学院其前身可以追溯到1985年9月成立的东南大学少年班。旨在积极探索优秀人才培养模式和培养目标。上世纪八十年代中期，中央领导同志强调“因材施教”，要对大学生中优秀苗子施以专门教育、精心培养、争取早出人才、快出人才，我校和其他十一所著名大学在继中国科学技术大学开办少年班后，也开设了少年班，挂靠基础科学系并成立专门的少年班管理委员会，首届共招生32人。1987年6月少年班改由我校无线电系管理。随着教育改革的不断深入，1990年，少年班改称为强化班，生源由单一的少年生扩展为由应届保送生、已录取新生中的优异生和特招少年生共同组成。在积累多年优秀人才培养经验的基础上，2003年12月底东南大学决定成立吴健雄学院，旨在巩固原有强化班人才培养的基础上，树立精品教育理念，寻找新的人才培养模式的突破点，使吴健雄学院成为东南大学优秀拔尖人才的培养基地、教学改革的试验基地和管理改革的示范基地；2004年2月吴健雄学院正式成立，成为依托学校的重点学科，汇集学校优秀教师，培养高层次人才和试行教学改革的重要基地。
学院正式成立后，原强化班改称为“信息电子类强化班”，采用前期大类基础集中培养、后期专业分流的“2＋2”培养模式；2004年8月开设了“机械动力类强化班”；使本科人才培养涵盖了我校信息工程、电子科学与技术、自动化、计算机科学与技术、生物科学与医学工程、电气工程及其自动化、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、热能与动力工程等9个优势品牌专业，学生人数扩大到每届120人。
2006年8月以东南大学建筑学和土木工程两个强势学科为基地成立了“杨廷宝班”。“杨廷宝班”学生的教育、教学和日常管理由我校建筑学院、土木工程学院共同负责管理，采用“中期筛选”的长学制分层分流的培养模式。
2007年8月在吴健雄学院强化班“2+2”培养模式经过多年来探索实践的基础上，作为一种新的人才培养模式的创新实践，学院开设了“高等理工实验班”，实行单独招生、独立编班、导师指导、优才优育的培养方式。
近年来，学院学生不负众望屡次获得国家级、省市级各类荣誉称号，在国际、国内各大学科竞赛中频获佳绩，国内外学术期刊学术会议上发表高水平论文20余篇。学院的学生表现和独特培养模式受到国内外教育界的高度关注。
经过二十五年对英才教育孜孜以求的探索，我们已形成了具有东南大学特色的优秀人才培养模式。以为优秀人才成长奠定坚实基础为宗旨，以培养学生“远大的理想抱负，强烈的进取精神，扎实的基础理论，科学的知识结构，优良的素质能力，持续的发展潜力”为目标，强化基础和实践能力，注重培养学生的世界眼光和全球竞争意识，注重研究型教学，注重个性化培养，注重国际化教育，注重人才培养质量的卓越化。
二十五年来，吴健雄学院共为国家培养了一千余名各类专业人才，许多毕业生已在科技、经济、管理等领域为国家经济建设以及教育、科技、文化的发展发挥着重要作用并贡献着自己的聪明才智。今后，定将有更多的健雄学子走出校门走向社会，引领科学的发展、社会的进步，为国家的富强、人类的文明作出自己的贡献，创造健雄人的辉煌。