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在九十年前的国立东南大学，我国著名土木工程学家、桥梁专家、东南大学首任工科主任茅以升先生和杨铨（杏佛）、涂羽卿、李世琼等七位教授联名致函校评议会和教授会，极力倡导并创建了土木工程系，从而奠下今日东南大学土木学科之基。
1923年，新建的国立东南大学土木工程系就初具规模，各项事业发展迅速。教学计划和课程设置上以美国工科土木系的计划为蓝本，实行通才教育和着重培养学生的工程实践能力。由于毕业人才为社会所急需，故土木系学生人数一度占工学院学生总数的一半以上。1927-1949年间，虽然时局动荡，迭经变乱，但土木系在众多志士仁人矢志不渝的经营下，仍获得极大发展，先后为国家培养了近千名优秀人才，分布在铁路、交通、建筑、水利各部门和国外，严谨求实的学风和前辈们的道德文章，也为后继者立下了典范。
新中国成立后，百废待兴，而最迫切需要的则是土建人才。1952年进行全国范围内的院系调整，我系建立了“工业与民用建筑”“公路与城市道路”“工程测量”及“桥梁与隧道”
四个专业。1955年我系建立“混凝土、钢筋混凝土制品及预制构件生产专业”。
南京工学院成立后，土木系在金宝桢、徐百川、梁治明、刘树勋、方福森、胡乾善、唐念慈、鲍恩湛、丁大钧、蒋永生，吕志涛、孙伟、黄卫、缪昌文等教授为代表的历代东大土木人的不懈努力下，土木工程系迅速壮大，向交通运输工程、材料科学与工程、环境科学与工程和工程力学等领域拓展。1989年底，土木工程系相关专业分出，成立交通运输工程系，后成立交通学院；1992年，土木工程系的建筑材料专业并入材料科学与工程系，后成立材料科学与工程学院；1997年，在原土木工程系、交通学院的环境工程系和原数学力学系的力学教研室基础上成立土木工程学院；2006年，环境工程系部分教师转入动力系合并成立能源与环境学院。如今，东南大学的土木工程学科以土木工程学院为主，交通学院、材料科学与工程学院和能源与环境学院参与共同建设，目前拥有4位院士，即土木工程学院的吕志涛教授、交通学院的黄卫教授、材料科学与工程学院的孙伟教授和缪昌文教授；7位长江学者和国家杰出青年基金获得者、2位国家级教学名师；科研成果获国家技术发明奖4项，国家科技进步奖20余项，在教育部学位与研究生教育发展中心主持的2012年全国学科评估排名中，土木工程位列全国第三。
进入新世纪以来，我校确立了建设世界一流大学的宏伟目标，各项事业日新月异、快速发展。土木学院也迎来了腾飞的十年。
传道授业桃李芬芳近十年，土木工程学院又为国家培养了2919名本科毕业生、1581名硕士、285名博士；同学们获得过全国大学生结构设计竞赛5个一等奖、全国周培源大学生力学竞赛2个特等奖、全国周培源大学生力学竞赛团体一等奖和全国大学生基础力学实验竞赛一等奖各1个；获全国大学生混凝土材料设计大赛特等奖1个；2005级给排水专业本科生杜二虎同学入选2008年度100名中国大学生自强之星；2008级土木工程专业本科生许德旺同学入选“江苏百名好青年”。在学生中发展共产党员1402名；创建了2个国家级先进班集体、1个全国五四红旗团支部、1个江苏省先进基层党委和1个江苏省五四红旗团委；招生质量不断上升，以2013年的江苏生源为例，录取线在全校排第二，在江苏全省近24.6万理科考生中，我们土木录取学生的最低成绩列前1100名左右；目前，全院在校的全日制本科生1200人、硕士生710人、博士生110人，还有在职参加继续教育的学生1100多人，其中，在职工程硕士300多人。
近十年，学院引进了4位教授、60位年轻博士，壮大了专任教师队伍；两任院长———蒋永生教授、李爱群教授先后获国家教学名师称号；吴智深教授和陆勇教授被聘为长江学者讲座教授；吴智深教授、李爱群教授、叶继红教授先后获得国家杰出青年基金资助；吴刚教授入选江苏省“十大青年科技之星”；叶继红教授为“江苏省特聘教授”；程文瀼教授、李爱群教授被授予“中国土木工程学会工作先进工作者”称号；吴刚教授参加首届全国高校青年教师教学竞赛，以总分第二名的成绩荣获工科一等奖。我院教师队伍中有1人担任国务院学科评议专家组成员，1人入选国家“新世纪百千万人才工程”，2人入选教育部骨干教师，6人入选教育部跨世纪新世纪人才，2人获宝钢优秀教师奖；1个国家级教学团队和1个教育部创新团队。
近十年，我院在发扬光大优良教学传统的同时，取得了一系列教改成果。蒋永生教授和邱洪兴教授分别牵头获得国家级教学成果一等奖和二等奖各1项；我们土木工程专业和工程管理专业先后被评为国家级特色专业；《工程结构设计原理》《建筑结构设计》《工程结构抗震与防灾》《工程合同管理》《土木工程施工》《结构力学》等6门课程入选国家精品课程；我院教师主编国家“十五”规划教材4本、“十一五”规划教材14本，“十二五”规划教材7本，其中，丁大钧教授、蓝宗建教授主编的《砌体结构》和丁大钧、蒋永生主编的《土木工程概论》被评为国家精品教材；吕志涛院士的专著《现代预应力结构体系与设计方法》入选国家新闻出版总署第三届“三个一百”原创出版工程；2006年土木学院和建筑学院联合创建了定位于“开放·交叉·融合”本科教改实验班———杨廷宝班，并在此基础上，结合“卓越工程师计划”，调整目标，从2010年起改设为定位于培养国际视野学术大师的实验班———丁大钧班。
严谨治学开拓创新近十年，学科建设稳步推进，在创新中发展。我院的二级学科“结构工程”被评为国家重点二级学科；“固体力学”二级学科和“环境科学与工程”一级学科分别获博士学位授予权；力学学科获准设立博士后流动站；我院在全国首设“土木工程建造与管理”博士点并招生；成立了东南大学首个学术特区———城市工程科学技术研究院，吴智深教授出任院长。
近十年，土木学院教师承接了包括国家“973计划”“863计划”“支撑计划”“杰出青年基金”“自然/社科基金项目”在内的科研项目2060项，到账科研经费40103万元；科研经费由2002年的1435万元，增加到2012年的6585万元，其中，纵向课题经费从2002年的204万元跃升到2012年的3561万元，增加了近16倍；由东南大学牵头、我院郭正兴教授、吴智深教授、李爱群教授分别主持的三个项目先后获国家科技进步二等奖(含1项公示)，龚维明教授参与的项目获国家科技进步一等奖，李爱群教授、李维滨教授等还有3个参与的项目也先后获得了国家科技进步二等奖。预应力技术、纤维增强复合材料与结构、大型复杂结构施工分析与控制、结构减隔振技术等研究达到国际一流水准，引领国内发展，其成果在世博会主题馆、2008奥运工程、越南国家体育馆、印尼苏拉马都跨海大桥等重大工程中应用。
近十年，学院申报成功国家级工程研究中心2个，其中，“国家预应力工程技术研究中心”由吕志涛院士和冯健教授牵头申报，国家科技部批准建设；“玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心”由吴智深教授和吴刚教授牵头、东南大学和南京市建邺区政府联合申报，国家发展和改革委员会批准。其间，我院还申报成功了国家级实验教学示范中心、国家级工程实践教育中心、国家大学生校外实践教育基地。
2012年，由我校牵头，联合同济大学等五所高校、中国建筑工程总公司等十五家行业领军企业与研究机构共同组建的“新型建筑工业化协同创新中心（2011计划）”在南京揭牌成立；我校与江宁区共建的“南京江宁———中国建筑工业化创新示范特区”正式签约。
心怀世界国际交流近十年，国际化进程不断加速。仅2012年，我院先后接待了美国马里兰大学工学院Pines院长、德国达姆斯塔特工业大学副校长Motzko教授等8个国家和地区的代表团或教授来访28批次；全院出国出境交流或进修的教师达53人次；先后邀请了美国普渡大学、卡耐基梅隆大学、德州大学奥斯汀分校、英国邓迪大学等世界名校的教授为研究生、本科生开设了10门全英文讲授的专业课程，举办了第四届土木工程国际知名专家系列讲座暨第四届全国研究生本科生全英文暑期学校；成功举办了第十六届国际雨水大会暨雨水综合利用国际论坛、第七届国际钢结构进展会议(ICASS’2012)、建筑结构抗震技术国际论坛、SAMPE中国年会“先进复合材料在基础设施及土木工程领域的应用”分会、第9届中美桥梁工程技术交流会、东南大学·京都大学土木工程学术研讨会等国际会议，并获得2015年第12届纤维复合材料增强混凝土结构国际会议的承办权(FRPRCS’2015)。我院每年有近10%毕业生出国留学，留学的国外高校中不乏斯坦福大学、麻省理工学院、耶鲁大学、卡耐基梅隆大学等世界名校。
近十年，随着学校九龙湖新校区的建设和启用，我院在新校区土木交通实验平台中拥有了7800平米实验室，同时，在四牌楼校区也增加5300平米科研办公用房，使科研、实验和办公条件得到很大改善。
累土至山、累业至圣；植木成林、融水汇川。在我们喜庆学科九十周年华诞的时刻，更加怀念为事业发展奠基铺路、为人才培养呕心沥血的历代先贤，更加感谢不畏艰辛、发奋进取的广大师生校友。是他们的智慧和汗水，成就了学院的发展基础与良好声誉，并激励着我们一路前行，不敢有丝毫懈怠。我们将秉承“止于至善”的校训，坚持以学科建设为龙头，深入实施人才强院、科技创新、机制创新和国际化的发展战略，朝着“东大特色，国际一流”的奋斗目标，不断谱写新的篇章。