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我校信息工程专业可以追溯到1923年东南大学开设的电气工程系下设的无线电门。新中国成立以前，电子信息类专业基本上实行的是欧美专业教育体系，在电气工程专业中设专门化方向。1952年院系调整后，电子信息类专业有较大的变化，整个教育体系均依当时苏联的模式为蓝本，在专业设置上划分得非常细，按无线电设备建立课程体系。
1953年底，当时的南京工学院（以下简称南工）无线电系在陈章教授的带领下制订出一份无线电通信与广播专业教学计划，其主要特点是：重视理论基础；不盲目抄袭苏联的模式；强调宜结合国情拓宽口径；重视实践环节。1957年高教部采用了南工方案的主体，并推向全国。1959年南工无线电系受高教部委托而修订的全国指导性教学计划，再次受到兄弟院校的欢迎，并在讨论修改后作为全国性计划与大纲，由高教部明文颁发。
1964年，管致中教授主持拟订了一个较有新意的教改方案，彻底打破了按设备设置课程的体系，建立了以二门工具课(数学和外语)、三门专业基础课(无线电技术基础、电路分析基础、电磁场理论)、四门技术课(放大与整流技术、高频技术、微波技术、脉冲技术)为主干课程的教学体系，即所谓“二三四”方案。
直至上个世纪80年代，南工无线电系共设有无线电技术、电子仪器及测量技术、微波技术、水声工程4个专业。1985年以后考虑到计算机和数字技术的迅速发展，设立了信息工程专业。1989年，无线电工程系，率先实现全系按无线电技术类专业统一招生，不分专业，学生在经过3年学习后，再选择学习方向，以增强适应性。1998年国家颁布新的专业目录，无线电技术专业更名为信息工程专业，至此以后东南大学信息科学与工程学院始终只有这么一个本科专业。
信息工程专业在宽厚的基础课程之上涵盖了多个专业方向，目前有通信、信息、微波、微电子以及信息安全等专业方向，覆盖了国家专业目录中的通信工程、电子信息工程、微电子科学与工程以及电子科学与技术等专业，是一个名副其实的厚基础宽口径专业。该专业在教学改革方面成果显著，曾获得国家教学成果特等奖等多项奖励并为国家培养了万余名高级人才，其中有11名两院院士，一批杰出的学者和企业领军人物。
信息工程专业的办学特点可以用厚基础、宽口径、重能力9个字来概括。厚基础厚基础主要体现在基础课程的设置与建设方面。基础课程包括通识教育基础课程和学科基础课程两大类。
通识教育基础课程方面，信息工程专业历来强调数理基础的扎实和严格训练。例如，数学除了要学高等数学外（优秀学生选学数学分析），还要学概率统计与随机过程、几何与代数、数学物理方法等与专业方向相关的数学类课程。在课程设置方面还要注重文理渗透、理工经管结合和学科交叉，并设置相应的课程。
学科基础课程建设早在上个世纪末就提出了拓宽、整合、更新、加强的建设方案。以拓宽信息学科基础为核心，学科基础课程应当是所有专业方向的共同的基础，不可偏重于某一专业方向，确保学生在选学某一专业方向时不会有基础脱节的问题；整合课程，如果依靠增加课程或学时来实现厚基础的目标，可能会适得其反，这就有必要对课程进行整合，使课程更精炼，基础更宽厚。例如上个世纪末，对电子电路基础这门课大幅度削减了课时，在内容上做了重新整合，突破了原有高低频、强弱电的界限，强调模拟电路和数字电路在电路层次上的统一性，强调课程的基础性，着眼于采用电路理论分析和设计电子电路；更新分为两个方面，包括教学内容的更新和设计工具与教学手段的更新：信息学科知识更新快，不断派生新的方向，例如当前的大数据、人工智能等，基础教学内容也要随之更新，随着计算机的发展，各种系统的设计工具更新很快，教学也应当随之改变；另外，多媒体教学、MOOC等新的教学手段不断涌现，均应实时体现到教学之中。加强实践则已成为高等工程教育的共识，整合课程和加强实践始终是厚基础的重点工作。宽口径信息科学与工程学院有着多个优势学科，每一个学科负责建设一个本科专业方向。应当说建设专业方向课程不是简单地开几门专业方向选修课，而应该是从专业主干（专业基础）课开始，成体系地建设一整套的专业主干课程和专业方向课程。当然，学生在选修某一专业方向时，应当从该方向的主干课程开始学习。
这么多的专业方向，每个学生不可能全选，一般是每位学生选两个专业方向，其中一个是主修方向，一个是次修方向。学生在三年级开始选择专业方向，在专业方向的选择上，学生会有点茫然，可以请各学科负责人在学生选方向前进行专业方向的介绍。
专业主干课程相对保持稳定，而专业方向课可根据学科的发展适时调整，特别是一些新技术的出现，更应鼓励教师去开设相关课程。对一些具有前瞻性的专业方向，还应当加以扶持，例如，微电子（电路）方向，上个世纪末学生普遍不愿意选，认为难找工作，但这个专业方向一直坚持下来，现在成了热门的专业方向。重能力陶行知先生说“教学就是教学生学”，学生的能力培养，首先就是学习能力的培养。在课程安排上要精简学时，避免讲授内容过细、满堂灌，留足给学生思考和自学的时间和内容。教材也一样，目前，许多教材越编越厚、内容越写越细，这些不一定有利于培养学生，一些好的教材故意省略或简化一些内容，那是留给读者去思考或推导的。
提高学生的实践能力。实践教学强调综合性和多样性，例如，在学习了大类学科基础课后安排有综合课程设计实践课程，该课程要求综合2-3门课程的知识设计一电子系统；在进入专业学习后安排与专业相关的系统实验。多样性体现在各门课程的实验、综合课程设计、生产实习、毕业设计、社会调查、各种设计竞赛、科研实践、创新活动等实践环节。按照学生学习过程中的认识规律和实践教学自身的客观规律系统安排，形成一个完整的实践教学体系，使学生的知识、能力和素质得到全面发展。
不拘一格、因材施教。培养学生不同于工厂生产产品，不能要求千篇一律。每个学生有其不同的特长，在大学学习中要能充分地发扬其特长，首先要给他们有选择的余地。在课程方面可以有多种类型的课程，如研讨型、偏重于软件或偏重于硬件的课程等。一些有特殊才能的学生可以给他们一些特殊的条件。信息工程专业依靠两个一级国家重点学科和两个国家重点实验室，学生有条件进入这些实验室，参加科研活动，这对他们的个性发展也提供了良好的条件。
信息科学与工程学院长期稳定地建设好一个本科专业———信息工程专业，不断地改革教学内容与教学方法，同时又积极地调动各个学科的积极性，适时调整专业方向，适应新技术的发展。这样一种专业建设模式既能保证培养的学生能适应科技的发展需要，又不会因盲目跟风创办新专业而处于被动应付的状态。