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1978年之前，学校已有8个系别：建筑系、机械工程系、动力工程系、无线电工程系、土木工程系、电子工程系、基础科学系、自动控制系、马列主义研究室☆1981年成立计算机科学与工程系，2006年更名为计算机科学与工程学院☆1983年设立外语教研室，1987年成立外国语言系，2006年更名为外国语学院成立物理化学系，1989年更名为物理系，2017年更名为物理学院成立数学力学系，1997年更名为应用数学系，2002年更名为数学系，2017年更名为数学学院☆1984年成立社会科学系，1985年成立哲学与科学系，1992年在社会科学系、哲学与科学系基础上成立人文社会科学学院（简称文学院），2002年更名为人文学院创建生物医学工程系，1994年更名为生物科学与医学工程系，2006年撤系成立生物科学与医学工程学院成立材料科学与工程系，2006年更名为材料科学与工程学院☆1985年成立电气工程系，2006年更名为电气工程学院创建少年班，1990年发展成为强化班，2004年成立吴健雄学院☆1986年恢复成立体育系☆1987年成立管理学院，1991年经济贸易系并入管理学院，成立经济管理学院☆1988年恢复成立化学化工系，2006年更名为化学化工学院成立东南大学无锡分校☆1989年成立交通运输工程系，1995年更名为交通学院☆1992年成立仪器科学与工程系，2006年更名为仪器科学与工程学院☆1994年成立艺术学系；90年代末成立文学院现代艺术设计研究中心（2004年改为人文学院艺术传播系）；2006年在此基础上组建艺术学院☆1995年成立法律系（隶属文学院），2006年成立法学院☆1997年土木工程系更名为土木工程学院☆2000年4月东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。交通土木学科进一步扩展，原南京铁道医学院所属基础医学院、临床医学院、公共卫生学院并入，其附属医院更名为东南大学附属中大医院，2009年基础医学院和临床医学院合并成为东南大学医学院☆2001年动力工程系与热能工程研究所合并，2006年调整成立能源与环境学院成立软件学院，2008年成立软件学院（苏州）☆2002年成立学习科学研究中心，2017年并入生物科学与医学工程学院，并成立学习科学研究中心新型科研机构☆2003年建筑系更名为建筑学院成立集成电路学院，2015年更名为微电子学院☆2004年合并成人教育学院、职业技术教育学院、远程教育学院，成立继续教育学院☆2005年成立苏州研究院成立海外教育学院☆2006年机械工程系更名为机械工程学院无线电工程系更名为信息科学与工程学院电子工程系更名为电子科学与工程学院自动控制系更名为自动化学院☆2009年成立生命科学研究院☆2011年从人文学院分出，成立马克思主义学院☆2012年成立东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院☆2016年成立网络空间安全学院