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经过多年校企产学研合作之路的探索，东南大学已经初步形成了一套较为行之有效的“三个圈层”的产学研合作载体建设的模式。
东南大学与地方政府共建区域研究院，旨在强化区域合作，实现产学研合作由“点”向“面”的升级。目前有东南大学苏州研究院、东南大学无锡分校、东南大学常州研究院。区域研究院的建立为东南大学向该地区辐射科研成果、提供高层次人才培养和交流提供了一个综合平台。
东南大学与地方政府、企业或企业联盟合作建立产业（专业）研究院，旨在参与某个行业的创新体系建设，力争成为行业的技术支撑,着眼提升行业整体实力，解决行业共性技术和科技创新。目前建有东南大学江阴新材料研究院、东南大学宜兴环保工业研究院、东南大学镇江智能电网研究院、东南大学盐城新能源汽车研究院、东南大学常熟应用技术研究院、东南大学张家港机电和新材料研究院、南京江宁“南京中国无线谷”等。
典型案例：东南大学苏州研究院东南大学苏州研究院是由东南大学和苏州市人民政府合作共建，集科学研究、人才培养、成果转化等功能为一体的办学实体以及研究型、开放式、国际化的创新人才培养和前沿应用科学研究的基地。校园占地面积6.67公顷，总建筑面积6.4万平方米。建院十年来，共引进东南大学工程院院士、国家杰青、长江学者等领衔的12个高水平科研团队在苏进行科研工作（苏州市级重点实验室），东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究中心7个；与地方企业共建了27个创新平台（联合实验室、联合研发中心等）；纵向科技经费总量超8000万元；产学研合作技术转化横向项目近800项，科技经费突破2亿元。目前累计孵化企业200余家，其中国家级高新技术企业15余家，市、区领军人才项目40个；新三板挂牌上市企业5家。!
协同创新中心是由高校牵头，联合多单位建立的跨高校、学术界与企业界的新型产学研合作机构，是推进产学研协同创新的高端载体，意在突破高校内部以及与外部的机制体制壁垒，实现校校协同、校企协同、校地协同甚至国际协同。东南大学已牵头组建了无线通信技术、先进土木工程材料等8个协同创新中心。其中，先进土木工程材料等4个协同创新中心已入选“江苏高校协同创新中心”。
典型案例：无线通信协同创新中心2012年，面向5G未来发展，学校成立了无线通信协同创新中心。中心是国家科技重大专项“新一代宽带无线移动通信网”和国家863计划5G重大项目等重大科技计划的主要创新载体，中心策划并牵头承担了5G重大研发项目。围绕项目实施进一步落实了协同创新的机制和制度，建设了具有国际水准的“无线谷”研发基地，吸引了一大批研究机构和企业入住，将分散在各高校和企业的科技资源进行有效的整合，显著提高了我国无线通信研发的整体创新实力。无线通信技术协同创新中心在科技部、教育部和江苏省的联合支持下，投资超过7亿元，共建具有国际水准的“无线谷”创新基地，中心建设已获得10亿元各类资金支持。
目前中心已设立核心网络与互连技术、移动通信网络与系统、天线与射频、集成电路、多媒体信息处理、通信协议与应用软件等6个国家级研究平台，建立了国际最先进无线通信试验场和公共检测中心，是我国目前少数具有赶上国际技术与产业发展水平、参与竞争能力的领域。
东南大学技术转移中心成立于2009年，是省科技厅第一批批准设立的江苏省高校技术转移中心,并被科技部认定为国家技术转移示范机构。2011年以来，为了进一步加强学校与地方科技部门和企业的联系，有组织有计划地为地方、企事业单位提供多层次、多渠道、全方位的服务，加快科技成果向地方转移和转化，构建完善产学研互动平台和长效机制，中心积极谋划技术转移转化网络建设，先后在江苏省的丰县、阜宁县、太仓市、张家港市、海安县、如皋市、宿迁高新区、南通市、南京玄武区、宝应县、南京六合区、淮安市、泰州市、连云港市、洪泽县、苏州市、苏州吴江区、泰兴市、扬州广陵区、泰州姜堰区、徐州贾汪区、昆山市、东台市、盐城大丰区，外省的聊城市、安庆市、当涂县、天津东丽区、芜湖市、浙江新昌县、台州市、德州市、马鞍市、临海市、长兴县、来安县、石家庄市、兰州市等地区设立了近40家技术转移地方分中心，构建了一支100余人的专兼职人才队伍。中心着重推进与优秀企业建立起长效合作关系，建立了100余家校企产学研联合研究中心（实验室）。中心为学校科技工作服务社会，特别是在服务江苏地区的经济建设和社会发展方面，作出了巨大贡献，产生了良好的经济社会效益。
东南大学国家大学科技园是国家科技部、教育部15家试点和22家首批授牌的国家级大学科技园之一。
作为东南大学服务地方区域经济建设的主要平台和重要窗口,近年来，东南大学国家大学科技园积极推进与各级地方政府开展全方位的合作共建，累计吸引政府和社会投资数十亿元，在南京市的“一园六区”发展规划全面落实，在苏州和扬州等地设有分园，创新创业载体达20余万平方米，在园企业300余家，毕业企业1000余家。
在汇聚多方资源搭建载体和平台的基础上，大学科技园还着力打造了依托东南大学优势学科的企业孵化专业服务体系，以及包括科技金融贷款、风险基金投资、知识产权申报、科技项目合作、企业管理咨询、人力资源招聘、企业家培训、工商税务和政策扶持服务等在内的中介服务体系，助力企业转型和中小科技型企业健康快速发展。
在长期工作实践中，探索出“校企联合研发中心”模式，旨在参与企业技术创新体系建设，使东南大学科研资源真正成为企业的实验室和研发中心，提升企业的技术创新能力和核心竞争力。
目前，东南大学已与各类企事业单位已成立校企产学研联合科研机构100余家，其中不乏飞利浦、IBM、哈曼国际等国际知名企业。年均到校科研经费逾亿元，校企双方共同申报发明专利1000余项，获得国家、省部级和市级科技奖项30余项；以联合研发中心为基础，学校还培育了12个国家级的科研平台，一批省市级工程中心及行业公共服务平台。
典型案例：东南大学—江苏电力设计院联合研发中心研发中心自成立以来，江苏省电力设计院已累计投入1682.55万元用于研发中心建设，开展了科技项目、人才培养和基地建设等工作。双方联合发表学术论文118篇，申请国家发明专利32项，成功申报江苏省和南京市分布式电源接入及应用工程技术中心、江苏省研究生工作站。目前已开展了48项专题研发项目，涉及东南大学电气、能环、建筑、土木、交通、经管、计算机等学院。研究结果广泛应用于华能巢湖电厂、扬州第二热电厂、张家港电厂、大唐南京电厂、锡西南变电站、苏州西变电站、吴江变电站、西泾变电站、淮盐线、瓶武Ⅱ回线、江都-泰兴线路等100多项电力工程的优化设计中。在近几年国家电网公司组织的5次500kV智能变电站设计竞赛投标中，江苏省电力设计院3次夺魁，在国内多次电厂投标中江苏省电力设计院的设计技术方案获得第一。
江苏省重大科技成果转化专项计划是省政府为进一步提升科技成果转化能力,促进高校和研究院所重大科技成果转化为现实生产力而设立的重大科技专项计划，自2004年设立此专项以来，东南大学作为依托单位参与了近200项江苏省重大成果转化专项资金项目，涉及省资助经费超过15亿元，在全国高校中名列第一。东南大学一大批科技成果得到转化，产生了重大的经济和社会效益。
典型案例：新型平板显示用高效多功能光学膜材料研制与产业化项目基于东南大学在高效多功能光学膜材料制备方面拥有的国际先进技术，江苏斯迪克新材料科技股份有限公司于2011年与学校共同承担了江苏省产学研成果转化项目：“新型平板显示用高效多功能光学膜材料研制与产业化”。项目采用聚合物功能结构分子设计、磁控分段聚合、高速剪切反应复合、无尘精密涂布、快速固化叠加反应涂布、多层膜复合、涂布风力悬浮无轴输送干燥等技术，制备了具有高透、高亮、优异黏合力和内聚力的高效多功能光学膜材料，实现膜厚的高精密控制，确保膜表面的高洁净度、超平整、超清晰低雾度、超透明性,该材料专门用于新型平板显示，具有强的抗辐射、抗干扰（微波、γ射线、X射线）等性能，达到屏蔽红外、紫外等多种功能，具有高平整度和超低损伤率，可确保平板显示图像逼真和高清晰。产品获得了省高新技术产品，累计完成销售75321万元，获得利润4901万元，缴税3087万元，创汇1618万美元。“新型平板显示用高效多功能光学膜材料”获得2015年度江苏省科学技术二等奖，获得江苏省优秀研究生工作站。