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默认电子科学与工程学院、微电子学院东南大学电子科学与工程学院肇始于1923 年的国立东南大学电机工程系和之后的国立中央大学电机工程系。1952 年，南京工学院电机工程系分设为动力工程系和电信工程系。 1953 年， 建立无线电工程系，1961 年 11 月，电真空器件专业从无线电工程系分出，正式成立电子器件系，成为学院独立办学之始。 2006 年电子工程系撤系建院。 2003 年，为培养集成电路专业人才，成立集成电路学院，2015 年成为国家示范性微电子学院。学院逐渐发展成为东南大学电子科学领域集教学、科研、应用开发为一体的重点院系，首批国家集成电路人才培养基地和首批 9 所国家示范性微电子学院建设单位之一。 学院自基础专业、电真空器件专业、半导体物理与器件专业等教研组延伸出现今的国家专用集成电路系统工程技术研究中心、 光传感/通信综合网络国家地方联合工程研究中心、微电子机械系统教育部重点实验室、教育部信息显示与可视化国际合作联合实验室、先进光子学中心、电子技术教研室六个教学科研基地。
学院拥有 “电子科学与技术”“光学工程”两个博士、硕士学位授予权一级学科，其中 “电子科学与技术” 下设四个二级学科；“电子科学与技术”学科在 2017 年入选国家“双一流”建设学科，全国第四轮学科评估中被评为 A 类学科。此外，学院还拥有“电子信息” 专业学位授权点。 在 2015-2020 年 《中国大学及学科专业评价报告》中， 东南大学电子科学与技术专业连续五年位居全国第一， 在 2020、2021 年 U.S.News 世界大学电气与电子工程学科排名中均名列第 5。
自 1961 年建系以来共计 603 名教职员任职， 学院涌现了陆钟祚和闵詠川等众多名师大家。 现有教职工 177 名，其中专任教师 130 名，教授 51 名，副教授 62 名，博士生导师 65 人，硕士生导师 115 人，具有博士学位的专任教师比例达到 96%。
在人才培养方面， 学院始终秉承立德树人的根本宗旨， 致力培养具有扎实的专业基础、 深厚的人文素养、 突出的创新能力、宽广的国际视野、理想远大和道德高尚的电子信息领域领军人才。 自建系（院）以来， 共培养本科生 10108 名， 硕士生 6905名，博士生 905 名，目前电子、微电子学院在校学生共计 2388 人。 2020 年本科生国内升学和深造率达 75%以上，出国去向分布美国加利福尼亚大学、美国密歇根大学、瑞典皇家理工学院等世界著名大学。 2020 年本、硕、博就业率达 100%，毕业生主要进入中国电子科技集团、 中国航天科技集团和中国船舶重工集团等国家科研院所、 华为技术有限公司、 中兴通讯股份有限公司以及北京字节跳动科技有限公司等知名企业。 学院在重点培养学生专业素养基础上，注重学生创新、创业能力的培养，历年来学生在“挑战杯” 全国大学生课外学术科技作品竞赛、“互联网+”大学生创新创业大赛、全国电子设计竞赛等国内外竞赛中屡获大奖。
多年来，学院完成了包含国家工程教育专业认证、国家一流建设学科、国家示范性微电子学院等众多质量工程认证。围绕新工科建设、 大学生创新创业等人才培养研究点， 学院承担国家与省部级教改项目 7 项、出版教材 7 本、会议及期刊上发表教学论文7 篇，建设国际、国家及江苏精品课程各一门，获国家与省部级教学竞赛奖 4 项。 学院始终重视产教融合的培养，构建了“综合性、实战型、创新型”教学实践体系，现有 70 余家合作企业，从中获取实施创新性、实战性课题， 锻炼学生真刀真枪的科研攻关能力。为以产业需求驱使高校学生实践，达到以赛促教的目的， 学院积极组织了集成电路 EDA 设计精英挑战赛、全国大学生 FPGA 创新设计竞赛和全国大学生嵌入式芯片与系统三大国家级的学科竞赛，参赛规模已经覆盖全国 300 多所高校， 每年参与学生超万人，为各高校贡献实验实训课程 20 余门。 在科研方向上，围绕集成电路、信息显示、物联网、光传感网络等产业领域，从中获取科技创新的应用与原动力，同时面向未来电子器件及系统的高效、节能及微型化、智能化需求， 开展科技创新前沿和未来技术储备研究。 同时，学院协同国内外龙头创新企业，建设相应的研究基地和平台。学院先后承担和完成了一大批包括国家重点研发计划、“863”“973” 计划在内的国家和部省级科研项目。 近十余年来，学院牵头获国家科技进步二等奖 2 项、 国家技术发明二等奖 2 项，教育部技术发明一等奖 2 项、江苏省科技进步奖一等奖 7 项。 近五年学院科研总到款5.19 亿元，平均年增长率达 15%。
近些年来，学院高度重视国际化发展，从一流高校、企业、专家和课程出发，多措并举，致力于构建了一流的国际教学资源，培养学生宽广国际视野。 积极与世界一流大学/科研机构开展人才培养、 学术交流、科学研究等多维度合作， 面向学校双一流发展目标， 努力提升学院和学科声誉及国际影响力。 学院牵头与日本早稻田大学、美国加州大学欧文分校开展本科生 “3+2”项目，带动学校多个学院参与本硕联培，近五年来参与联培的本科生人数超过 100 人。此外， 学院鼓励本科生参与各种形式国际交流活动，近五年来参与学术交流、会议、竞赛等活动人数累计超过 60 人次。 在研究生培养方面，学院与帝国理工学院、雷恩第一大学、大阪大学、巴黎高科电信学院等国际高校签署合作协议/合作备忘录。 在国家留学基金委等项目的资助下，研究生赴剑桥大学、加州大学伯克利分校、布鲁克海文国家实验室等国际一流大学/科研机构开展联培/交流学习。 学院建有教育部信息显示与可视化国际合作联合实验室、科技部显示科学与技术创新引智基地（“111”基地）、东南大学-美国 FEI 公司联合实验室、 国家专用集成电路系统工程技术研究中心香港分中心等国际科研合作机构。 近年来，学院承办了 APCOT -2012、AOM -2017、GotoGo -2019、 第三届 ICCE&ICCSS 等具有学科影响力的国际会议，学院师生踊跃参与，与世界学者开展面对面交流；另外，学院聘请了世界一流大学的专家学者来院讲座/授课，积极营造国际化环境、扩大师生国际视野。
为深入贯彻落实立德树人根本任务，电子、微电子学院布局“十四五”规划，建设“一体两翼”的发展新格局，以聚焦于基础材料、软件及器件等方面研究的九龙湖校区为创新主体，以南京集成电路培训基地为基础的江北新区和立足于微电子学院的无锡校区为产教融合的设计与制造两翼，通过产业之翼服务地方经济、服务国家战略，同时凝练科学前沿。 未来，学院继续瞄准世界科技前沿，重点建设“集成电路 EDA 国家技术创新中心”和“微纳系统国际创新中心”，以解决芯片与高端电子器件可设计、可制造等卡脖子问题；重点建设“集成电路科学与工程”一级学科，以培养创新型芯片人才。