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近五年来，在校党委和校行政的领导下，研究生院根据国际高等教育发展的趋势和学校事业发展的需要，明确学科和研究生培养工作的思路，在学科建设、人才培养、思想素质教育以及学位与研究生教育研究等方面取得了丰硕的成果。
五年来，我校紧紧抓住重大机遇，先后顺利通过“九五”“211工程”和“985工程”一期各项目的验收，成功启动了“十五”“211工程”的9个建设项目、“985工程”二期的11个科技创新平台和哲学社会科学基地建设项目，为我校学位与研究生教育的持续发展创造了优异的环境。
经过五年来的不懈努力，我校集中优势资源，调整学科布局，加快对传统学科的内涵改造，为我校学科建设的发展作出了重要贡献。新增一级学科博士学位授予点7个、二级学科博士点45个、硕士点65个，新增临床医学硕士、公共卫生硕士等5个学位授予点、新增了7个工程硕士的招生领域，使博士点覆盖了我校所有的工科学科，实现了医学、理学博士点“零”的突破，实现了全校各业务部门都能招收、培养研究生的目标。同时，成功获批10个国家重点学科、10个江苏省重点学科、1个省产学研联合培养研究生基地。在2002－2004年全国学科整体水平评估中，11个一级学科名列全国前十名，其中6个一级学科位列全国前五名。
五年来，研究生培养规模保持了稳定增长。截止2004年底，全日制在校研究生已近8600人。专业学位教育已由不足千人增加到近4000人。为保持和提高我校研究生教育质量，我校在全国率先制订了“博士学位论文申请答辩和授予学位前成果考核标准”、“研究生教学督导条例”以及“东南大学研究生学位论文盲审条例”。五年来，我校有6篇博士研究生学位论文获全国优秀博士学位论文奖、8篇获全国优秀博士学位论文提名奖、28篇获江苏省优秀博士学位论文奖、36篇获江苏省优秀硕士学位论文奖；有12名研究生的研究课题被列为江苏省研究生创新计划项目；6本教材入选教育部推荐的研究生教学用书；建成了研究生创新中心、研究生培育基地以及为全校研究生从事大项目研究和自由探索研究服务的计算力学等6个研究生实验平台。五年来，学校新增硕士生指导教师403位、博士生指导教师134位。2001年，孙忠良教授光荣当选为工程院院士。
2003年，我校成立党委研究生工作部和管理办公室，积极开展多种形式的思想教育活动和各类学术活动，举办院士、知名学者系列讲座，积极组织研究生开展各种竞赛、参加形式多样的社会实践活动，使我校研究生思政管理工作和综合素质培养发生了可喜的变化，极大的丰富了研究生的校园生活。