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吴健雄学院最早可以追溯到1985年9月成立的东南大学少年班；随着教育改革的不断深入，1990年，少年班改称为强化班，生源由单一的少年生扩展为由应届保送生、已录取新生中的优异生和特招少年生共同组成，依托学校的重点学科，汇集学校优秀教师，成为东南大学培养高层次人才和试行教学改革的重要基地。2003底，在我校不断开创国内外知名高水平研究型大学建设新局面之际，学校决定成立了吴健雄学院。学院以世界杰出物理学家、东南大学校友吴健雄的名字命名，充分体现了我校对优秀学生的成长充满着激励之意，寄予着殷切希望；2004年11月著名物理学家、诺贝尔物理奖获得者丁肇中先生被我校聘为吴健雄学院名誉院长，充分说明了我校领导对优秀人才培养工作的高度重视和关心。目前，吴健雄学院开设了涉及我校9个院系的电类强化班和机械动力类强化班，在校学生人数347人。
20多年来，吴健雄学院强化班在历届校领导的热情关怀和大力支持下，在一大批优秀教授的精心培育下，培养出了一大批基础扎实、知识面广、适应性强、勇于开拓创新的优秀人才。据统计，截止2005年7月，强化班共培养了915名毕业生，目前获得博士、硕士学位或正在攻读博士、硕士学位的占85%以上，其中相当一部分毕业生已经在科技、经济等各个领域中崭露头角。