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在学校党政的正确领导和全校上下的共同努力下，我校的科技工作努力贯彻科学发展观，充分发挥东南大学学科门类、尤其是工科门类齐全的优势，利用国家科技、经济与社会稳步发展的时机，坚持科技创新，稳步发展基础研究和应用基础研究，重点发展高新技术及其应用技术研究，不断拓展科技开发空间；积极面向国民经济建设主战场，不断加强科技创新基地建设，发挥各级重点实验室和工程研究中心的群体优势，组织联合攻关，积极承担国家、部省及国防的重大科研项目，使基础研究、高技术研究、基地与平台建设、团队建设、国防科技、国际合作科研、产学研和服务地方发展、哲学社会科学和医学学科科研及国家大学科技园等在水平和规模方面协调发展、互为促进，使我校的科技工作整体上了一个新台阶。
通过多年的发展，我校已形成了有特色的科研格局：以国家自然科学基金项目、“973”项目为主的基础性研究，以“863”、国防预研项目为主的应用基础研究，以国家科技攻关（支撑计划）项目、重大工程项目、企业技术改造及技术合作项目为主的应用研究。形成了基础研究、应用开发与成果转化相互支撑、共同发展的良性循环局面。
科技经费逐年递增成为我校科技工作发展的特色之一，多年位列江苏高校第一、全国高校前列。其中“十五”期间的到帐经费同比“九五”增长216%（见图2）。2001年以来共获国家科技进步二等奖8项、国家自然科学二等奖1项；获省（部）级科技进步一、二等奖98项；今年更是喜获国家发明二等奖。发表SCI收录论文1613篇，EI收录论文3066篇，ISTP收录论文1361篇；申请专利1570项，其中发明专利920项；共获专利授权732项，其中发明专利306项；专利申请量和授权量都逐年攀升，历年位居全国高校前10名。
我校主持完成了教育部“十五”期间唯一负责的国家重大科技攻关项目“网络教育关键技术及示范工程”以及“863”重大专项等一批国家级大项目，相继产生了CDMA移动通信技术，大尺寸全彩色荫罩式PDP平板显示技术等一批具有完全自主知识产权的高新技术成果，突破了一系列关键技术，并取得一大批专利，使我校成为国内一流乃至世界有影响的现代移动通信、显示技术等的重要研发基地。
基地建设一直是东南大学科技创新的特色之一，目前已有4个国家重点实验室和专业实验室，6个教育部重点实验室；“十五”以来新增2个教育部工程研究中心，3个江苏省重点实验室，6个江苏省工程研究中心，1个江苏省科技公共服务平台和4个南京市工程中心。以科研基地为依托，形成了一批年富力强、具有较强科研实力和工程化技术能力的学术带头人与学术团队。目前已涌现2个国家重点支持的优秀创新团体和2个教育部优秀创新团队，17名国家杰出青年基金获得者。
近年来,我校还承担了大量国防预研基金、预研项目、创新、型谱项目及型号、国防“973”、“863”项目，“十五”期间获得的国防科研项目经费较“九五”增加363%。其中，超轻型金属材料等一批科研成果在国防重大工程上得到成功应用，深受军方好评。我校在毫米波技术、惯性技术、水声技术、通信技术、电子技术、材料技术等国防领域形成了明显优势。
我校还努力拓展国际科技合作，仅“十五”期间的国际合作项目就达67项，获科研经费7400多万元人民币。与欧洲粒子物理研究中心、瑞士日内瓦大学等合作进行的AMS-02合作项目。与飞利浦公司合作进行的显示技术合作项目，与爱尔兰都柏林大学合作进行的现代无线通信合作项目等使我校与欧洲的科技合作日益深化。我校与国外大学等机构合作，成立了“东南大学伽利略系统欧亚（中国）教育与应用开发中心”等国际科技合作机构。由国家外专局批准的科技创新引智基地落户我校。
我校大胆探索产学研合作的新模式，成功组织了“东南大学科技成果巡回展”和“东南大学产学研论坛”，为区域的经济和社会发展作出了贡献。与企业合作建立了15个研究开发中心。苏州研究院等区域性合作机构的建立将我校的产学研合作工作推向以共建合作联盟为标志的新阶段。目前我校科研经费中横向经费几近占2/3。近年来与企业合作获得江苏省科技成果转化专项资金无论是项目数还是经费数均列全省高校第一。
近年来，我校的医学和人文学科的科研工作继续获得长足的进展，“十五”期间，医学院共获得46项国家自然科学基金项目，同比“九五”的16项增长186%，3项国家(下转十三、十六版中缝)杰出青年基金，是校内获国家自然科学基金委员会资助项目增长最快的学科群之一；“发育与疾病相关基因教育部重点实验室”的建设实现了医学学科重点实验室零的突破。“科技伦理与艺术哲学社会科学创新基地”成为教育部的人文社科平台。在教育部人文社科重大招标项目和国家社科基金重点项目等方面获得了零的突破。
多年来，东南大学的科技工作坚持与持续探索“以项目研究为载体、以基地建设为核心、以人才成长为重点”的科研发展方针；坚持与持续探索“将基础研究、应用研究与开发推广有机结合，将科研基地建设、创新队伍培育和大学科技园发展有机结合”的科技发展战略；坚持与持续探索“鼓励学科交叉、推进原始创新”的科技工作内涵发展道路；坚持与持续探索以提升企业自主创新能力为核心的产学研合作模式和实践；坚持与持续探索以管理改革和制度创新为核心的科技工作运行机制，以保证科技体系的高效运转。这些都预示着东南大学科技工作跨越式、可持续发展的灿烂明天。