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吴健雄学院的学生勤奋好学、奋发向上，追求卓越、勇于创新。2004年以来，获宝钢优秀学生特等奖1人，优秀学生奖3人，获“江苏省十佳青年学生”1人，获“江苏省先进班集体”光荣称号5项，获“江苏省优秀学生干部”光荣称号3人，获“江苏省三好学生”光荣称号2人，获“东南大学十大校园骄子”荣誉称号4人。获省级以上各类学科竞赛奖250项482人次，其中国际大学生数模竞赛一等奖10项、二等奖16项，全国大学生电子设计大赛特等奖、一等奖各1项，智能车大赛全国一等奖2项、二等奖1项，全国大学生英语竞赛全国特等奖1项、一等奖4项。获江苏省本科生优秀毕业设计论文10篇，其中省一等奖6篇，二等奖4篇；获得校级优秀毕业设计论文30余篇；学生在正式刊物上或国际性学术会议上发表学术论文或研究性文章20余篇，学生申请发明专利已受理2项，已授权实用新型专利1项。
学院约80%毕业生继续在国内外一流大学深造，其中国内大学包括清华大学、北京大学、中国科技大学、复旦大学、浙江大学、上海交通大学、东南大学和中国科学院相关院所等著名大学和科研机构，国外大学包括美国斯坦福大学、加州大学、宾夕法尼亚大学等国际一流大学。